这天，袁世凯乘坐的是特制的专用双套马车。该马车由上海龙飞所造，状似一绿呢大轿。车后跟随身挎德国刀的侍从数十名，车前则有两个“顶马”（即骑马前导的卫士）开道。这两个“顶马”，一个叫袁振标，一个叫杜保，两人威风凛凛，策马而行，马车则跟在后边，发出轰隆轰隆的声响，煞是威风。车子走到东华门大街将近东口时，突然发生了意外。先是传来一阵剧烈的爆炸声，响声震耳，烟雾四起，接着便出现了一片混乱。再接着，只见袁世凯乘坐的双套马车像发了疯似的狂奔起来，腾起一股蔽天黄尘。人们惊恐地望着眼前发生的这一幕，不知到底出了什么事情。在马车的后边，此刻那两个“顶马”已经摔倒在地上，浑身是血。现场一片狼藉……
原来是有人行刺。根据事后的调查，刺客使用的武器是炸弹。袁世凯的女儿袁静雪回忆说，炸弹是从当时有名的饭馆“东兴楼”的楼上扔下的，共三颗炸弹。其中的两颗当时便爆炸了，除了我父亲的顶马袁振标当场被炸死以外，还有另一顶马杜保和双套马车的两匹马，都被炸成了重伤。杜的伤势很重，过了不久也就死去。另外一颗炸弹扔到“东兴楼”下便道上自来水龙头旁边的水坑里去了，没有爆炸。那两匹马被炸伤以后便如飞地奔驰起来。车上的马夫虽然勒紧缰绳想控制住受惊马匹，但却无济于事，只得任它们飞奔，直到回到石大人胡同外务部门口方才站住。
这是一起专门针对袁世凯的暗杀。炸弹造成的后果是严重的。除了两个顶马先后死去外，拉车的两匹马也受了重伤。袁静雪说，弹片炸伤了马肚子，不久两匹马都因伤重死去。所幸的是，两匹马当时没有倒下，否则袁世凯的生命也将发生危险。
刺杀发生后，军警们很快包围了现场，并抓获了三个可疑分子。被抓的这三个人是：黄之萌、张先培、杨禹昌，都是京津同盟会的成员。京津同盟会是在武昌首义后成立的，直属于同盟会本部。该会的组织机构除了总务、军事、交通、财务和宣传这些照例都有的部门外，还特设了一个暗杀部。该部不设部长，直属于会长和副会长，成员有男女同志二十余人，主要任务就是铲除清朝巨头。为此，部里的成员还专门拉到京西门头沟和十三陵等荒山里进行过投掷炸弹等一系列速成训练。
据亲历者回忆说，当时暗杀部拟定的行刺目标主要是三人，一是袁世凯，二是良弼，三是载泽。袁世凯则是头号目标。计划实施前，他们对袁世凯上下朝的路线、时间等都进行过仔细研究，发现沿途虽然布置了军警，但这些军警比较松懈，警惕性也不高，完全有机可乘。从时间上看，袁入宫多在清晨，这时街上人少，容易引起注意，而到中午下朝时，正赶上一天最热闹的时候，街上人多，易于隐蔽。于是，行刺的时间最后就选定在1月16日中午。参加刺杀行动的人，经过挑选选出四人，即黄之萌、张先培、杨禹昌，还有一个名叫严伯勋。
计划制定得非常严密，共设三个攻击点：一是离东华门不远处的路南茶叶店门外，这是第一攻击点，由严伯勋执行；二是丁字街临街酒楼，这是第二攻击点，按分工由黄之萌、张先培蹲守；三是东安市场门口，这是第三攻击点，守候在这里的是杨禹昌。
袁世凯的马车开过来后，严伯勋首先行动。他投弹甚准，投出的炸弹正中袁的车下，但由于车行较速，炸弹猛烈爆炸时，车已过去，只炸死车后卫兵一人，伤数人。之后袁的马车立即改道折入路南一小街逃去，未走原来路线。这一来，打破了原定的计划。在丁字街酒楼上的黄、张两同志听到第一声炸弹爆炸，随即开窗持弹等候，但因袁车已改道，未能实施，反被街上军警发现，遭到逮捕。在东安市场门口的杨禹昌同志，闻得炸弹声，也持弹奔出，同样因形迹败露被捕。唯有第一个投弹的严伯勋乘人声鼎沸、军警慌乱之际，潜入茶叶店内，将手枪插入茶叶桶中，从容出门逸去。
以上这些都来自知情者的回忆，应该较为准确。袁世凯大难不死，除了耳朵略微受震外，几乎毫毛无损。袁静雪回忆说，父亲平安回到家后，见到我们只简单讲了一下情况，便哈哈笑了起来。袁世凯为何高兴？难道是因为意外逃生？当然不是。而是因为这一意外，反倒向清廷证明了自己的忠诚，否则革命党干吗要杀他呢？事实上，刺杀事件后，隆裕太后的确是对他更信任了。除此之外，这个意外事件也提供了一个机会。他可以借机告病在家，不再上朝，逼清帝退位之事也用不着自己亲自出面了，这就省去了许多麻烦。应该说，逼清帝退位，袁世凯内心有愧，他也害怕面对太后和小皇帝，更怕将来留下“夺权于孤儿寡母”的叛臣骂名。如能躲在幕后，放手让手下人去做，那就大大减轻了他良心上的负担。袁世凯当然是要高兴了。
第二天，袁世凯便上折子请假，声称受了惊吓不能上朝。谕旨很快下来了，说是“览奏殊深廑念”，批假三天，让他“速为调理”，病好后马上上班。
就在袁世凯请病假的同一天，由隆裕太后召集的御前会议举行了。会议内容就是讨论内阁密奏。据史料记载，从17日至19日，御前会议连续